Ngay sau khi tham dự các kỳ thi cuối cùng của bà tại Botany và Động vật học tại Makerere năm 1996, bà được tuyển dụng làm Trợ lý Giảng dạy tại Khoa Khoa học tại cùng một cơ sở. Từ năm 1998 đến năm 2000, bà là Giảng viên và Trưởng khoa, Viện Đào tạo Nghề cá Uganda ở Entebbe. Sau đó, bà sẽ là Trưởng phòng Giáo dục và Quản lý Khuyến ngư, Viện Đào tạo Nghề cá, Entebbe. Từ năm 2010 đến năm 2011, bà là Phó Trưởng khoa, Nghiên cứu và Nghiên cứu sau đại học, tại Khoa Khoa học, Đại học Makerere. Từ tháng 2 năm 2011 đến tháng 5 năm 2014, bà là Trưởng khoa Khoa học Sinh học, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên tại Đại học Makerere. Vào ngày 2 tháng 5 năm 2014, Kamatenesi Mugisha được bổ nhiệm làm Phó Hiệu trưởng trường Đại học Bishop Stuart, một vị trí mà bà hiện đang nắm giữ.[3]